Changes between Version 1 and Version 2 of u/erica/ProblemAfterStepRoutine


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11/29/17 14:07:46 (8 years ago)
Author:
Erica Kaminski
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  • u/erica/ProblemAfterStepRoutine

    v1 v2  
    1 Last login: Tue Nov 28 16:57:47 on ttys000
    2 efogerty@pn1716076:~$ bluehive
    3 ekamins2@bluehive.circ.rochester.edu's password:
    4 Last login: Tue Nov 28 18:58:08 2017 from vpn13-124.net.rochester.edu
    5 Filesystem  GB used  GB soft limit  GB hard limit  status
    6      /home     2.38          20.00          25.00  under soft limit
    7   /scratch    15.14         200.00        1000.00  under soft limit
    8 [ekamins2@bluehive ~]$ scr
    9 -bash: scr: command not found
    10 [ekamins2@bluehive ~]$ scratch
    11 [ekamins2@bluehive ekamins2]$ cd sodtest/
    12 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ls
    13 astrobear       frame.data   global.data~  physics.data   problem.cpp.f90  problem.data~  problem.o  scales.data   solver.data    testrun.s     testrun.s.bs
    14 astrobear_test  global.data  out           physics.data~  problem.data     problem.f90    README     scaling_test  testprocess.s  testrun.s.bh  testrun.s.q
    15 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    16 ./astrobear_test: error while loading shared libraries: libhdf5_fortran.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory
    17 [ekamins2@bluehive sodtest]$ module load astrobear/b1
    18 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    19 ==============================================================================
    20 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    21 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    22 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    23 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    24 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    25 |                                                                            |
    26 ==============================================================================
    27 Running on       1 cores
    28  NrWaves =            0
    29  Initializing Grids on level           0
    30  level          -2
    31  level          -1
    32  level           0
    33 Time to make output file    0:   0.0127 seconds.
    34  data       
    35 [ekamins2@bluehive sodtest]$ module list
    36 Currently Loaded Modulefiles:
    37   1) slurm/16.05.9     3) intel/2017        5) hdf5/1.8.17/b4    7) fftw3/3.3.5/b2    9) astrobear/b1
    38   2) circ              4) impi/2017         6) hypre/2.11.1/b1   8) pgplot/5.2/b1
    39 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    40 ==============================================================================
    41 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    42 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    43 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    44 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    45 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    46 |                                                                            |
    47 ==============================================================================
    48 Running on       1 cores
    49  NrWaves =            0
    50  Initializing Grids on level           0
    51  level          -2
    52  level          -1
    53  level           0
    54 Time to make output file    0:   0.0123 seconds.
    55  data       
    56 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ls -ltr
    57 total 22432
    58 -rwx------  1 ekamins2 ekamins2 12220816 Nov 20 13:38 astrobear
    59 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2     8058 Nov 20 13:38 global.data~
    60 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2    10062 Nov 20 13:38 physics.data~
    61 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2    12220 Nov 20 13:38 problem.cpp.f90
    62 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2    12453 Nov 20 13:38 problem.f90
    63 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2   101984 Nov 20 13:38 problem.o
    64 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2      398 Nov 20 13:38 README
    65 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2     1502 Nov 20 13:38 solver.data
    66 -rwx------  1 ekamins2 ekamins2     1464 Nov 20 13:38 testprocess.s
    67 -rwx------  1 ekamins2 ekamins2      625 Nov 20 13:38 testrun.s
    68 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2     1761 Nov 20 13:38 testrun.s.bh
    69 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2      842 Nov 20 13:38 testrun.s.bs
    70 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2     1763 Nov 20 13:38 testrun.s.q
    71 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2     8059 Nov 20 14:42 global.data
    72 drwx------+ 2 ekamins2 ekamins2    16384 Nov 20 14:43 out
    73 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2      391 Nov 20 17:43 problem.data~
    74 drwx------+ 3 ekamins2 ekamins2    16384 Nov 20 17:45 scaling_test
    75 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2    10062 Nov 27 16:19 physics.data
    76 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2      391 Nov 27 16:26 problem.data
    77 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2      619 Nov 28 19:16 scales.data
    78 -rw-------  1 ekamins2 ekamins2       50 Nov 28 19:16 frame.data
    79 -rwx------  1 ekamins2 ekamins2 12204752 Nov 28 19:22 astrobear_test
    80 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    81 ==============================================================================
    82 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    83 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    84 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    85 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    86 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    87 |                                                                            |
    88 ==============================================================================
    89 Running on       1 cores
    90  NrWaves =            0
    91  Initializing Grids on level           0
    92  level          -2
    93  level          -1
    94  level           0
    95 Time to make output file    0:   0.0132 seconds.
    96  data     
    97 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    98 ==============================================================================
    99 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    100 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    101 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    102 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    103 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    104 |                                                                            |
    105 ==============================================================================
    106 Running on       1 cores
    107  NrWaves =            0
    108  Initializing Grids on level           0
    109  level          -2
    110  level          -1
    111  level           0
    112 Time to make output file    0:   0.1159 seconds.
    113  data     
    114 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    115 ==============================================================================
    116 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    117 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    118 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    119 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    120 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    121 |                                                                            |
    122 ==============================================================================
    123 Running on       1 cores
    124  NrWaves =            0
    125  Initializing Grids on level           0
    126  level          -2
    127  level          -1
    128  level           0
    129 Time to make output file    0:   0.0141 seconds.
    130  data     
    131 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ls
    132 astrobear       frame.data   global.data~  physics.data   problem.cpp.f90  problem.data~  problem.o  scales.data   solver.data    testrun.s     testrun.s.bs
    133 astrobear_test  global.data  out           physics.data~  problem.data     problem.f90    README     scaling_test  testprocess.s  testrun.s.bh  testrun.s.q
    134 [ekamins2@bluehive sodtest]$ rm astrobear_test
    135 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ls
    136 astrobear       frame.data   global.data~  physics.data   problem.cpp.f90  problem.data~  problem.o  scales.data   solver.data    testrun.s     testrun.s.bs
    137 astrobear_test  global.data  out           physics.data~  problem.data     problem.f90    README     scaling_test  testprocess.s  testrun.s.bh  testrun.s.q
    138 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    139 ==============================================================================
    140 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    141 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    142 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    143 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    144 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    145 |                                                                            |
    146 ==============================================================================
    147 Running on       1 cores
    148  NrWaves =            0
    149  Initializing Grids on level           0
    150  level          -2
    151  level          -1
    152  level           0
    153 Time to make output file    0:   0.0081 seconds.
    154  data     
    155 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    156 ==============================================================================
    157 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    158 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    159 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    160 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    161 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    162 |                                                                            |
    163 ==============================================================================
    164 Running on       1 cores
    165  NrWaves =            0
    166  Initializing Grids on level           0
    167  level          -2
    168  level          -1
    169  level           0
    170 Time to make output file    0:   0.0081 seconds.
    171  data     
    172 [ekamins2@bluehive sodtest]$ ./astrobear_test
    173 ==============================================================================
    174 |      _        _             ____  _____    _    ____      ____     ___     |
    175 |     / \   ___| |_ _ __ ___ | __ )| ____|  / \  |  _ \    |___ \   / _ \    |
    176 |    / _ \ / __| __| '__/ _ \|  _ \|  _|   / _ \ | |_) |     __) | | | | |   |
    177 |   / ___ \\__ \ |_| | | (_) | |_) | |___ / ___ \|  _ <     / __/ _| |_| |   |
    178 |  /_/   \_\___/\__|_|  \___/|____/|_____/_/   \_\_| \_\   |_____(_)\___/    |
    179 |                                                                            |
    180 ==============================================================================
    181 Running on       1 cores
    182  NrWaves =            0
    183  Initializing Grids on level           0
    184  level          -2
    185  level          -1
    186  level           0
    187 Time to make output file    0:   0.0152 seconds.
    188  data     
    189  data     
    190 [ekamins2@bluehive sodtest]$ packet_write_wait: Connection to 128.151.18.140 port 22: Broken pipe
    191 efogerty@pn1716076:~$ bluehive
    192 ekamins2@bluehive.circ.rochester.edu's password:
    193 Last login: Wed Nov 29 12:41:56 2017 from vpn13-124.net.rochester.edu
    194 Filesystem  GB used  GB soft limit  GB hard limit  status
    195      /home     2.38          20.00          25.00  under soft limit
    196   /scratch    15.14         200.00        1000.00  under soft limit
    197 [ekamins2@bluehive ~]$ cd astrobear_sodtest/
    198 [ekamins2@bluehive astrobear_sodtest]$ ls
    199 bin  COPYRIGHT  Makefile  Makefile.inc  makefiles  modules  README  scripts  src  std.dff  std.out  TABLES
    200 [ekamins2@bluehive astrobear_sodtest]$ cd src/modules/Problem/
    201 [ekamins2@bluehive Problem]$ ls
    202 astrobear  global.data  physics.data  problem.cpp.f90  problem.data  problem.f90  problem.o  README  solver.data  testprocess.s  testrun.s  testrun.s.bh  testrun.s.bs  testrun.s.q
    203 [ekamins2@bluehive Problem]$ emacs problem.f90  -nw
    204 [ekamins2@bluehive Problem]$ emacs problem.f90  -nw
    205 [ekamins2@bluehive Problem]$ emacs problem.f90  -nw
    206 [ekamins2@bluehive Problem]$ emacs problem.f90  -nw
    2071
    208 File Edit Options Buffers Tools F90 Help                                                                                                                         
     2
     3 SUBROUTINE ProblemAfterStep(Info)
     4     TYPE(InfoDef) :: Info
     5     INTEGER :: i
     6     REAL(KIND=qPREC), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: qExact
     7     REAL(KIND=qPREC) :: um, s, max_speed
     8     REAL(KIND=qPREC), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: wmiddle
     9     CHARACTER(50) :: S_FILENAME
     10
     11     IF (MPI_ID == MASTER .OR. lParallelHDF5) THEN
     12        !write(*,*) 'levels%tnow=', levels(maxlevel)%step                                                                                                         
     13        WRITE(s_filename, '(A8,I5.5,A6)') 'out/data', current_frame, '.curve'  !write to the character var 's_filename' the concatenated output list             
     14        !PRINT *, 's_filename=', s_filename                                                                                                                       
     15        !PRINT *, 'current_time=', levels(maxlevel)%tnow !gives the current time                                                                                 
     16        !RETURN                                                                                                                                                   
     17        OPEN(UNIT=11, FILE=s_filename, status='replace') !open the filename defined above for each current frame                                                 
     18        write(11, *) '# rho'
     19        DO i=1, Info%mX(1)
     20           IF (Info%mX(2) /= Info%mX(1)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx, Info%q(i,1,1,1)
     21           IF (Info%mX(1)==Info%mX(2)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx*sqrt(2d0), Info%q(i,i,1,1)
     22        END DO
     23        write(11,*)
     24        write(11,*)
     25        write(11,*) '# vx'
     26        DO i=1, Info%mX(1)
     27           IF (Info%mX(2) /= Info%mX(1)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx, Info%q(i,1,1,ivx)/Info%q(i,1,1,1)
     28           IF (Info%mX(1)==Info%mX(2)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx*sqrt(2d0), Info%q(i,i,1,ivx)/Info%q(i,i,1,1)
     29        END DO
     30        write(11,*)
     31        write(11,*)
     32        write(11,*) '# P'
     33        DO i=1, Info%mX(1)
     34           IF (Info%mX(2) /= Info%mX(1)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx, (Press(Info%q(i,1,1,:)))
     35           IF (Info%mX(1)==Info%mX(2)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx*sqrt(2d0), (Press(Info%q(i,i,1,:)))
     36        END DO
     37        write(11,*)
     38        write(11,*)
     39
     40        IF (lMHD) THEN
     41           write(11,*) '# vy'
     42           DO i=1, Info%mX(1)
     43              IF (Info%mX(2) /= Info%mX(1)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx, Info%q(i,1,1,ivy)/Info%q(i,1,1,1)
     44              IF (Info%mX(1)==Info%mX(2)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx*sqrt(2d0), Info%q(i,i,1,ivy)/Info%q(i,i,1,1)
     45           END DO
     46           write(11,*)
     47           write(11,*)
     48           write(11,*) '# vz'
    20949           DO i=1, Info%mX(1)
    21050              IF (Info%mX(2) /= Info%mX(1)) write(11,*) Info%xbounds(1,1)+(REAL(i)-half)*levels(Info%level)%dx, Info%q(i,1,1,ivz)/Info%q(i,1,1,1)